Misja 1: Reinforce Phoenix Base
Cel: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 2: Secure the Region
Cel 1: Zniszcz punkty obrony przeciwlotniczej SAM
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 3: Capture Train Station
Cel 1: Przejmij stację kolejową
Cel 2: Zniszcz wszystkie struktury Nod
Misja 4: Secure Crash Site
Cel 1: Zabezpiecz miejsce katastrofy
Cel 2: Przejmij centrum technologiczne
Misja 5: Defend Crash Site
Cel: Obroń UFO
Misja 6: Destroy Radar Array
Cel: Zniszcz stanowiska radarowe
Misja 7: Rescue Tratos
Cel 1: Uwolnij Tratosa
Cel 2: Zniszcz wszystkie obecne siły Nod
Misja 8: Destroy Vega’s Dam
Cel: Zniszcz tamę Vegi
Misja 9: Destroy Vega’s Base
Cel 1: Przejmij piramidę Vegi
Cel 2: Zniszcz wszystkie obecne siły Nod
Misja 10: Capture Hammerfest Base
Cel 1: Przejmij Bazę Hammerfest
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 11: Retrieve Disruptor Crystal
Cel 1: Zniszcz pociąg Nod i wydobądź kryształy zaburzające
Cel 2: Zniszcz bazę Nod i wydobądź kryształy zaburzające ( w przypadku niepowodzenia zadania 1)
Misja 12: Rescue Prisoners
Cel: Uwolnij więźniów
Misja 13: Destroy Chemical Supply
Cel 1: Zniszcz siły Nod
Cel 2: Wyślij Ghostalker’a na stację kolejową – musi przeżyć
Misja 14: Mine Power Grid
Cel: Zniszcz wszystkie elektrownie
Misja 15: Destroy Chemical Missile Plant
Cel: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 16: Destroy Prototype Facility
Cel: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 17: Weather the Storm
Cel 1: Ochroń Kodiak za wszelką cenę
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 18: Final Conflict
Cel 1: Zniszcz wyrzutnie ICBM
Cel 2: Zniszcz piramidę Kane’a
Cel 3: Zniszcz wszystkie siły Nod