Misja: 1 Operation Reboot
Cel 1: Zinfiltruj bazę GDI
Cel 2: Znajdź trzy części rdzenia CABAL
Cel 3: Wróć do strefy zrzutu w celu natychmiastowej ewakuacji
Misja: 2 Seeds of Destruction
Cel 1: Pozostań ukryty przed siłami GDI w okolicy.
Cel 2: Użyj odurzonych cywili jako przynęty aby oczyścić region z tyberyjskich form życia
Misja: 3 Tratos’s Final Act
Cel 3: Zabij Tratosa
Misja: 4 Mutant Extermination
Cel 1: Znajdź obozowisko mutantów.
Cel 2: Odzyskaj Tacitusa i dostarcz go do strefy odbioru.
Cel 3: Zniszcz wszystkie pozostałe siły mutantów.
Misja: 5 Escape From CABAL
Cel 1: Unikaj sił CABALA; znajdź opuszczone lotnisko.
Cel 2: Napraw urządzenia, aby nadać sygnał do ewakuacji
Cel 3: Wycofaj się do Montauk
Misja: 6 The Needs of the Many
Cel 1: Dokonaj zwiadu okolicy w celu znalezienia bazy GDI oraz okolicznych miast.
Cel 2: Stwórz działania pozorne dla odwrócenia uwagi, aby odciągnąć wsparcie lotnicze bazy GDI.
Cel 3: Wyślij inżyniera do radaru GDI, aby wykraść jednostkę EVA.
Misja: 7 Determined Retribution
Cel 1: Napraw mosty, aby umożliwić przybycie posiłków.
Cel 2: Przejmij stację dowodzenia, aby wyłączyć ogrodzenie laserowe dookoła rdzenia CABAL’a
Cel 3: Zniszcz bazę CABAL’a wraz z całą obronę.
Misja: 8 Harvester Hunter
Cel 1: Uratuj cywili oraz ich miasto przed szarżą sil CABAL’a
Cel 2: Zakłócaj i zapobiegaj zbiorom Tiberium przez siły CABAL’a
Misja: 9 Core of the Problem
Cel 1: Zbuduj bazę i przetrwaj początkowy atak sił CABAL’a
Cel 2: Przejmij 3 stacje kontrolne, aby wyłączyć ogrodzenia laserowe oraz system firestorm chroniący CABAL’a.
Cel 3: Zniszcz rdzeń CABAL’a