Misja 1: The Messiah Returns
Cel: Zniszcz wszystkich elitarnych strażników Hassan’a
Misja 2: Retaliation
Cel 1: Przejmij stację TV
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły Hassan’a
Misja 3: Free Rebel Commander
Cel: Dokonaj ewakuacji zbuntowanego dowódcy
Misja 4: Destroy Hassan’s Temple
Cel: Przejmij lub zniszcz świątynie Hassan’a
Misja 5: Blackout
Cel: Zniszcz centrum radarowe GDI nim ustanie burza jonowa
Misja 6: Eviction Notice
Cel 1: Zlokalizuj świątynie
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły Nod
Misja 7: Salvage Operation
Cel 1: Zlokalizuj UFO
Cel 2: Wydobądź Tacitus’a
Misja 8: Capture Umagon
Cel 1: Zniszcz mobilne urządzenia wykrywające „Mobile Sensor Array”
Cel 2: uniknij wykrycia
Cel 3: Pojmaj Umagon
Misja 9: Sheep’s Clothing
Cel 1: Przejmij bazę GDI
Cel 2: Przejmij Tratos’a
Misja 10: Escort Bio-toxin Trucks
Cel 1: Zlokalizuj ciężarówki
Cel 2: Eskortuj odnalezione ciężarówki do punktu ewakuacji
Misja 11: Destroy GDI Research Facility
Cel 1: Zgrupuj wszystkich mutantów
Cel 2: Zniszcz ośrodek badawczy
Misja 12: Rescue the Villainess
Cel: Uratuj i ewakuuj Oxanne oraz Slavik’a
Misja 13A: Protect Waste Convoys
Cel 1: Wybuduj Tiberium Waste facility
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły GDI
Misja 13B: Establish NOD Presence
Misja 14: Destroy Mammoth Mk. II Prototype
Cel: Zniszcz prototyp czołgu Mammoth Mk. II
Misja 15: Capture Jake McNeil
Cel: Nakłoń Jack’a McNeil’a do dołączenia do Bractwa Nod
Misja 16: Illegal Data Transfer
Cel: Wykradnij wszystkie kody do Ion Cannon
Misja 17: A New Beginning
Cel: Rozmieść trzy wyrzutnie ICBM