W 2030 roku Bractwo Nod zaatakowało znienacka. Jak się okazało Kane żyje i ma się dobrze. Osobiście skontaktował się z dowódcą GDI generałem Jamesem Solomonem okazując mu pogardę i chęć konfliktu. Jego liczne armie uderzyły na wszystkie posterunki oraz bazy GDI na całym globie. Wojska Bractwa Nod były bardzo dobrze wyposażone w nowoczesną i skuteczną broń, sięgnięto po cybernetykę tworząc śmiertelnie groźne cyborgi, które wykorzystano podczas ataku na bazę GDI „Feniks”. Nikt nie ocalał. Dowódca bazy został pojmany przez generała Vegę i na oczach dowództwa GDI zabity. Tym razem konflikt był dużo krwawszy niż poprzedni. Po masakrze w bazie „Feniks” mobilizacja wojsk GDI przebiegła nader szybko. Żołnierze GDI pragnęli odwetu a ich morale było wysokie. Nic bardziej nie mobilizuje niż śmierć kolegów. Wróg miał przewagę dzięki zastosowaniu super nowoczesnych technologii o które nie podejrzewano, że istnieją. Co prawda podczas „Pierwszej Wojny o Tyberium” pojawiły się czołgi z systemem maskującym, ale były to raczej prototypy i było ich niewiele, teraz Bractwo wyprodukowało ich ponad tysiąc sztuk. W tym konflikcie użyto ich na masową skalę łącznie z maskowaniem całych baz. Wykorzystano też podziemne tunele oraz jednostki, które nie zauważone docierały do baz GDI przez co miały znaczną przewagę taktyczną. Oczywiście GDI było również świetnie wyposażone, a wprowadzenie MSA (Mobilnych Systemów Wykrywających) ukróciło swobodę działań Bractwa Nod i przeważyło szalę zwycięstwa na stronę GDI. Wprowadzono też nowe jednostki do walki zarówno po stronie Bractwa jak i GDI. GDI opierało swą taktykę na „Znajdź i Zniszcz” za pomocą ciężkiego sprzętu i orbitalnych dział jonowych zaś Bractwo stosowało taktykę „Podkradnij się, Uderzaj i Niszcz”. Wojna trwała dwa lata. Na szczęście dla ludzkości dzięki wyszkoleniu i determinacji dowódców polowych oraz nowoczesnemu wyposażeniu w nowoczesną broń siłom GDI udało się ponownie pokonać wroga choć przy większym trudzie i większych stratach. Komandor Michael McNeil jako naoczny świadek potwierdził zabójstwo Kane’a, ale jego oddział miał inne zadania i nie zabrał ciała. Bractwo Nod mimo, że było słabe przeprowadziło silną kontrofensywę. GDI wolało się wycofać niż walczyć z fanatykami i spaloną ziemię. Wojska GDI zanim wycofały się z Kairu, nie odnalazły ciała zabitego wodza Bractwa Nod co spowodowało pojawienie się kolejnych teorii spiskowych oraz niedomówień. Potwierdziły się za to przypuszczenia, że częściowo uzbrojenie Bractwa Nod oparto na pozaziemskiej technologii. Oczywiście wszystko to zostało objęte ścisłą tajemnicą wojskową.
Niedługo po zakończeniu wojny, przystąpiono do badań nad „Tacitusem”, tajemniczemu artefaktowi pochodzącym z obcego statku pozaziemskiego, którego McNeil zabrał z Piramidy Nod po pokonaniu Kane’a. „Tacitus” według naukowców był potężną bazą danych obcych form życia. Pracował nad tym specjalny zespół naukowców. Zespół ten nazwano zespołem „Dedala”. Do zespołu „Dedala” należeli najlepsi specjaliści od szyfrów, algorytmów szyfrujących, w tym też matematycy, fizycy oraz najlepsi naukowcy od tyberium. Głównym naukowcem i dyrektorem projektu była doktor Gabriela Boudreau, jej specjalizacją była medycyna, nauki przyrodnicze i humanistyczne. Zespół „Dedala” nie tylko zajmował się „Tacitusem”. Jego najważniejszym zadaniem była obserwacja tyberium oraz podjęcie kroków, aby zatrzymać ekspansję niebezpiecznego minerału. Wiedziano, że kluczem do tyberium jest właśnie „Tacitus”. Do pomocy jego odszyfrowania zgłosił się Tratos, przywódca „Zapomnianych” – zmutowanych ludzi, którzy na samym początku pracowali dla Bractwa Nod, aby potem po zdradzie Bractwa przystąpić do luźnej współpracy z GDI. Tratos pomagał odszyfrowywać „Tacitusa” dla Kane’a wraz z CABAL-em – Sztuczną Inteligencją Bractwa Nod, która służyła doradzając dowódcom Bractwa na polu bitwy oraz do ogólnego zarządzania siłami zbrojnymi Nod. Jednak losy projektu potoczyły się inną drogą, gdy został przeprowadzony zamach na Tratosa, podczas buntu mutantów oraz ludzi w bezpiecznym azylu Kolonii 3. GDI zdławiło bunt, ale nie udało się uratować Tratosa. Strata Tratosa dla projektu była ogromna, jednak za sprawą doktor Boudreau, generał Paul Cortez dowódca GDI niechętnie i z obawami zgodził się na plan alternatywny. W pomocy odszyfrowania artefaktu obcych miał wziąć udział CABAL. Generał Cortez rozkazał oddziałom GDI odbić z rąk fanatycznych żołnierzy Nod rdzeń CABAL-a. CABAL został ponownie uruchomiony. Niedługo po jego aktywacji okazało się, że CABAL miał własne plany wobec ludzkości oraz „Tacitusa”. Nastąpił bunt maszyn. Jego cyborgi oraz kierowane zdalnie czołgi i lotnictwo uderzyły na ludność cywilną i wojska GDI. Bractwo Nod, również zostało zaatakowane. CABAL postanowił walczyć ze swymi twórcami jak i z GDI. Dzięki „Tacitusowi” postanowił opanować świat. Łączność z „Filadelfią”, stacją kosmiczną dowodzenia GDI została zerwana przez liczne burze jonowe, przez co nie można było wezwać większych posiłków.
Lokalnym dowódcom GDI i Bractwa Nod udało się zniszczyć znacznie siły CABAL-a, ale pokonanie go wymagało znacznie większych sił i wzajemnej współpracy dotychczasowych wrogów. Generał Paul Cortez mimo wyraźnej niechęci zjednoczył wspólne siły z generałem Bractwa Antonem Slavikiem. Na mocy porozumienia obydwie strony podzieliły się zadaniami. Bractwo Nod zaatakowało linie zaopatrzenia w tyberium oraz zniszczyło naziemne wojska CABAL-a, które wyłapywało ludzi, aby przerobić ich w armię lojalnych cyborgów. GDI zajęło się fabryką cyborgów wprowadzając do zautomatyzowanej fabryki cyborgów przeprogramowanego i zainfekowanego wirusem cyborga. Wojska GDI zaatakowały również bazy oraz więzienia, gdzie byli przytrzymywani pojmani ludzie. Te dwa uderzenia strategiczne osłabiły główną fortecę CABAL-a. Wojska GDI były gotowe do ataku na Rdzeń.